Kompilacja WRF 3.2 pod Ubuntu 10.10

Aktualności: Prosimy o dodawanie na końcu wiadomości tagów w nawiasach kwadratowych, które pozwolą na szybsze wyszukiwanie interesującej treści.
Przykłady tagów: [2016] [pogoda] [burza] [prognoza] [grad]

Autor Wątek: Kompilacja WRF 3.2 pod Ubuntu 10.10  (Przeczytany 3055 razy)

0 użytkowników i 1 Gość przegląda ten wątek.

Offline pdjakow

  • Administrator
  • Ojciec Dyktator
  • *****
  • Wiadomości: 2757
  • Age: 43
  • Miejsce pobytu: Wrocław
  • Reputacja: 197
  • Płeć: Mężczyzna
    • http://meteomodel.pl
Kompilacja WRF 3.2 pod Ubuntu 10.10
« dnia: Październik 17, 2010, 12:41:07 pm »
Ostatnimi czasy zmieniłem system - zainstalowałem Ubuntu 10.10 w wersji 64 bit (wersja 32 bit wykrywa jedynie 3.2 GB RAM, co w przypadku modelu WRF ma duże znaczenie).

Ściągnąłem - najpierw WRF w wersji 3.2.1. Standardowo skompilowałem go na serial (bez wspomagania wielu procesorów/rdzeni). Oczywiście do poprawnej kompilacji wymagana jest wcześniej kompilacja i instalacja netcdf, libpng, zlib, libjasper. Wszystko to, jak również kompilacja WRF na serial poszła bez problemu (należy rzecz jasna pamiętać, by WRF był kompilowany z użyciem tego samego kompilatora, co netcdf. W moim przypadku był to gfortran).

Kolejnym krokiem była kompilacja WPS - tu ustawiłem kompilator g95 również na serial, z obsługą GRIB2. Po wykonaniu skryptu configure zmieniłem w pliku configure.wps wpisy g95 na gfortran (są trzy takie wpisy).

Zaimportowałem ustawienia domeny (do plików namelist.wps i namelist.input) z wrfems.

Również bez problemów. Pobrałem pliki wejściowe - GFS. Odpaliłem WPS, oraz WRF. Ruszyło. Oczywiście po kompilacji z użyciem serial banglał tylko jeden rdzeń, co spowodowało, że jedna godzina prognozy liczyła się aż 17 minut (trzy domany 50km->17km->8km, stosunek 1:3:2).

Konieczna więc była kompilacja z użyciem smpar lub dmpar (z naciskiem na ostatnią). Pierw spróbowałem smpar - skompilowało się bez problemu. Odpaliłem real.exe, wrf.exe i tu zonk. Po kilku sekundach właściwych obliczeń model wykopyrtnął się z komunikatem "AVOST IN VILKA".

Nieco się zdziwiłem, gdyż były to dokładnie te same ustawienia, z których bez problemu skorzystałem we wcześniejszym wypadku. Siedziałem nad tym problemem dość długo i nic mi nie przyszło do głowy. Dziś zauważyłem, że zmiany w ustawieniu parent_id w namelist.input, puszczenie real.exe i wrf.exe powoduje, że model... działa!

Zdziwiłem się jescze bardziej, gdy po wyłączeniu wrf.exe włączyłem go jeszcze raz - bez zmieniania czegokolwiek. Teraz model nie działał. Dokonałem ponownych zmian w namelist.input, ruszyłem real.exe i wrf.exe i teraz model działa. Jest to cokolwiek dziwne. To tak, jakby przed każdym uruchomieniem modelu trzeba było dokonywać zmiany w namelist.input, odpalać real.exe i wrf.exe. Dziwne.

Niezależnie od tego aktualnie godzina prognozy liczyła się około 4 minuty. Również nie za dobrze. Próba z dmpar się nie powiodła. Jakikolwiek program skompilowany z tą opcją (czy to geogrid.exe, czy ungrib.exe, czy real.exe) nie działa - po uruchomieniu wisi nie dając żadnego komunikatu.

Reasumując:

* Model skompilowany z opcją SERIAL działa, ale nie nadaje się do użytku (czas obliczeń)
* Model skompilowane z opcją SMPAR dizała czasem, przy czym nie wiadomo dlaczego.
* Pliki skompilowane z użyciem DMPAR nie działają w ogóle.

Szkoda, że Robert Rozumalski nie działa szybciej z WRF-EMS. Ten model działa na 3.1, a to już historia...



Modele Numeryczne GFS/WRF
http://meteomodel.pl

Offline pdjakow

  • Administrator
  • Ojciec Dyktator
  • *****
  • Wiadomości: 2757
  • Age: 43
  • Miejsce pobytu: Wrocław
  • Reputacja: 197
  • Płeć: Mężczyzna
    • http://meteomodel.pl
Odp: Kompilacja WRF 3.2 pod Ubuntu 10.10
« Odpowiedź #1 dnia: Październik 17, 2010, 13:37:05 pm »
Właśnie zauważyłem, że problem po kompilacji na SMPAR jest jeszcze dziwniejszy. Mianowicie raz działa - raz nie. Zależnie kiedy się uruchomi...
Rekompiluję na gfortranie 4.5

Rekompilacje na opcji DMPAR nic nie dały - pliki wynikowe nadal wiszą.
Modele Numeryczne GFS/WRF
http://meteomodel.pl


Offline juliusz

  • Admini
  • Ojciec Dyktator
  • *****
  • Wiadomości: 2258
  • Miejsce pobytu: Gdynia
  • Reputacja: 328
Odp: Kompilacja WRF 3.2 pod Ubuntu 10.10
« Odpowiedź #2 dnia: Październik 17, 2010, 14:40:24 pm »
Niestety Robert działa wolno.
Ale chyba zmiany w kolejnych wersjach nie są aż tak ogromne.

Pozdrowienia
Juliusz

Offline pdjakow

  • Administrator
  • Ojciec Dyktator
  • *****
  • Wiadomości: 2757
  • Age: 43
  • Miejsce pobytu: Wrocław
  • Reputacja: 197
  • Płeć: Mężczyzna
    • http://meteomodel.pl
Odp: Kompilacja WRF 3.2 pod Ubuntu 10.10
« Odpowiedź #3 dnia: Październik 17, 2010, 15:51:03 pm »
Problem polega ogólnie na konfiguracji WRF na danym systemie - z tego, co widzę to jest problem pojawiający się pod tym konkretnym systemem - z kompilacją WRF 3.1.1 też mam problem.

A dojść do źródła problemu nie będzie łatwo. Na tą chwilę zorientowałem się, że WPS kompiluje się poprawnie na DMPAR, gdy w configure.wps zmienię opcję D_MPI na DMPI.

Natomiast aktualnie w ogóle nie kompiluje mi się WRF na DMPAR. Wysypuje błędy. Czemu? Cholera wie.

Modele Numeryczne GFS/WRF
http://meteomodel.pl

Offline pdjakow

  • Administrator
  • Ojciec Dyktator
  • *****
  • Wiadomości: 2757
  • Age: 43
  • Miejsce pobytu: Wrocław
  • Reputacja: 197
  • Płeć: Mężczyzna
    • http://meteomodel.pl
Odp: Kompilacja WRF 3.2 pod Ubuntu 10.10
« Odpowiedź #4 dnia: Październik 17, 2010, 16:12:31 pm »
Cholera wiedziała i powiedziała - wcześniej doinstalowałem openmpi skutkiem tego z configure.wrf należało usunąć wpisy

"-f90=$(SFC)"

i

"-cc=$(SCC)"

Teraz się kompiluje, ale co z tego będzie - nie wiadomo.

Edit:

Warto tu powiedzieć jaki był komunikat błędu kompilacji. Mianowicie:

f951: error: unrecognized command line option "-f90=gfortran"


« Ostatnia zmiana: Październik 17, 2010, 16:32:46 pm wysłana przez pdjakow »
Modele Numeryczne GFS/WRF
http://meteomodel.pl

Offline pdjakow

  • Administrator
  • Ojciec Dyktator
  • *****
  • Wiadomości: 2757
  • Age: 43
  • Miejsce pobytu: Wrocław
  • Reputacja: 197
  • Płeć: Mężczyzna
    • http://meteomodel.pl
Odp: Kompilacja WRF 3.2 pod Ubuntu 10.10
« Odpowiedź #5 dnia: Październik 18, 2010, 16:37:13 pm »
Po wielu próbach w końcu działa. Problem polegał na złych plikach namelist.input (!). Ściągnąłem DomainWizarda (jest już wersja 2, która jest dostosowana do WRF 3.2), stworzyłem domenę od nowa i teraz wszystko bangla.

Teraz rekompiluję, żeby sprawdzić możliwości - niestety nadal jest problem z wydajnością, model liczy za długo - godzina prognozy liczy się w 4-5 minut, powinno to być maks. 3 minuty.

Modele Numeryczne GFS/WRF
http://meteomodel.pl