Drukuj stronę - Kompilacja NMM 3.3.1 na Galerze

Pogoda i Klimat

Numeryczne modelowanie pogody => WRF => Kompilacja => Wątek zaczęty przez: skosecki w Marzec 08, 2012, 10:23:13 am

Tytuł: Kompilacja NMM 3.3.1 na Galerze
Wiadomość wysłana przez: skosecki w Marzec 08, 2012, 10:23:13 am
Witam,

Jestem totalnie świeżym użytkownikiem WRF. Udało mi się zainstalować i poprawnie uruchomić EMS'a lecz obliczenia trwają zbyt długo, stąd próby uruchomienia NMM. Stoję w miejscu dlatego proszę o pomoc.

Model kompiluje się, powstają pliki wykonywalne (ale nie wszystkie?) lecz w trakcie kompilator wyrzuca błędy.
Konfiguruję używająć opcji 11 (ifort compiler with icc  (dmpar)) oraz 1 basic nesting.

Tak wygląda mój .cshrc :
setenv NETCDF /apl/netcdf/4.1.3/x86_64/intel
setenv WRFIO_NCD_LARGE_FILE_SUPPORT 1
setenv WRF_NMM_CORE 1
setenv WRF_NMM_NEST 1
setenv OBJECT_MODE 64
set path = ( /opt/mpi/mvapich/bin $path )   
set path = ( /opt/mpi/mvapich/lib $path )   
set path = ( /opt/mpi/mvapich/include $path )   
set path = ( /apl/netcdf/bin/netcdf.bashrc $path )   
source /opt/intel/env/ifortvars.csh
source /opt/intel/env/iccvars.csh
source /opt/intel/env/mpivars.csh
source /apl/netcdf/bin/netcdf.cshrc
source /apl/intel/bin/compilervars.csh intel64
set path = ( /apl/netcdf/4.1.3/x86_64/intel/bin $path )
set path = ( /apl/netcdf/4.1.3/x86_64/intel/lib $path )

To katalog main:
-rw-rw-r-- 1 szkos users    85396 2012-03-06 10:19 wrf_SST_ESMF.F
-rw-rw-r-- 1 szkos users      951 2012-03-06 10:19 wrf.F
-rw-rw-r-- 1 szkos users    44894 2012-03-06 10:19 wrf_ESMFMod.F
-rw-rw-r-- 1 szkos users    79887 2012-03-06 10:19 tc_em.F
-rw-rw-r-- 1 szkos users    61562 2012-03-06 10:19 real_nmm.F
-rw-rw-r-- 1 szkos users    55069 2012-03-06 10:19 real_em.F
-rw-rw-r-- 1 szkos users    36623 2012-03-06 10:19 nup_em.F
-rw-rw-r-- 1 szkos users    95179 2012-03-06 10:19 ndown_em.F
-rw-rw-r-- 1 szkos users    21448 2012-03-06 10:19 module_wrf_top.F
-rw-rw-r-- 1 szkos users     6038 2012-03-06 10:19 Makefile
-rw-rw-r-- 1 szkos users    11092 2012-03-06 10:19 ideal.F
-rw-rw-r-- 1 szkos users     5477 2012-03-06 10:19 convert_em.F
-rw-rw-r-- 1 szkos users     9062 2012-03-08 09:46 module_wrf_top.f90
-rw-rw-r-- 1 szkos users      190 2012-03-08 09:46 wrf.f90
-rw-rw-r-- 1 szkos users    20376 2012-03-08 09:46 module_wrf_top.o
-rw-rw-r-- 1 szkos users  2261677 2012-03-08 09:46 module_wrf_top.mod
-rw-rw-r-- 1 szkos users     1984 2012-03-08 09:46 wrf.o
-rwxrwxr-x 1 szkos users 19896677 2012-03-08 09:46 wrf.exe*
-rw-rw-r-- 1 szkos users    36876 2012-03-08 09:46 real_nmm.f90
-rw-rw-r-- 1 szkos users   171272 2012-03-08 09:46 real_nmm.o
-rw-rw-r-- 1 szkos users 26778910 2012-03-08 09:46 libwrflib.a
-rwxrwxr-x 1 szkos users 18624923 2012-03-08 09:47 real_nmm.exe*


Niedawno została zainstalowana nowa wersja NetCDF - 4.1.3 z obsługą formatu HWD5. Od tej pory po konfiguracji dostaję informację : no entry nc.o in archive - co to może oznaczać?

Oto log kompilacji (nie chciał się dać załączyć ze względu na zbyt duży rozmiar)
https://docs.google.com/file/d/0B5E4XlLn0pglMG1PczFIOU9SdkNSMlF0eTY5RXhQdw/edit

Z góry dziękuję za pomoc


Tytuł: Odp: Kompilacja NMM 3.3.1 na Galerze
Wiadomość wysłana przez: pdjakow w Marzec 08, 2012, 10:51:20 am
Przecież EMS ma w sobie wbudowany NMM. Przy tworzeniu domeny definiuje się na jakim rdzeniu ma to chodzić.
Tytuł: Odp: Kompilacja NMM 3.3.1 na Galerze
Wiadomość wysłana przez: skosecki w Marzec 08, 2012, 11:03:30 am
Z tego co ja się orientuję EMS jest wersją binarną. Mogę ją uruchomić tylko na jednym nodzie. Czyli w przypadku Galery na 8rdzeniach obliczeniowych. Żeby WRF działał operacyjnie (dla naszego modelu morza) potrzebuję go uruchomić na co najmniej 64 rdzeniach.

Domeny na razie nie robiłem bo już mamy Zatoki Gdańskiej do celów testowych.
Tytuł: Odp: Kompilacja NMM 3.3.1 na Galerze
Wiadomość wysłana przez: pdjakow w Marzec 08, 2012, 11:10:48 am
EMS ma możliwość uruchomienia na wielu nodach z tego co pamiętam.
Tytuł: Odp: Kompilacja NMM 3.3.1 na Galerze
Wiadomość wysłana przez: skosecki w Marzec 08, 2012, 12:07:19 pm
Niestety nie.
Tytuł: Odp: Kompilacja NMM 3.3.1 na Galerze
Wiadomość wysłana przez: juliusz w Marzec 08, 2012, 17:38:00 pm
Była już próba uruchomienia WRF EMS na galerze przez PAN, faktycznie model chodził na jednym nodzie.
Fatalna też była wydajność jak na jeden node.
Swoją drogą ARW dobrze się akurat sprawdza na Zatoce Gdańskiej.

Pozdrowienia
Juliusz

Tytuł: Odp: Kompilacja NMM 3.3.1 na Galerze
Wiadomość wysłana przez: skosecki w Maj 14, 2012, 10:11:09 am
Udało mi się skompilować NMM na Galerze.. jeśli ktoś chciałby poznać ustawienia to pomogę.

Mam problem następujący z WPS'em, jeśli mogę.. :
Domena tworzona za pomocą DomainWizard'a, metgrid tworzy tylko pliki dla jednej domeny.. nie ma wymuszeń dla nestów.
Czy ktoś z państwa wie w czym może być problem?

Oczywiście ustawienia są pod dwie domeny. Geogrid je tworzy.

Dla ustawień ARW tworzą się warunki dla obu nestów